Le origini dell’Anatomia a Pavia, come studio anatomico, risalgono al 1536. Nel 1551 Gabriele Cuneo fece costruire il primo Teatro anatomico stabile (oggi Aula Scarpa) nel lato nord della sede universitaria, con accesso dal Cortile dei Caduti, un tempo il “portico medico” dell’Università, su cui attualmente cui si affaccia il Museo per la Storia dell’Università.

Gabriele Cuneo, a differenza dei predecessori, praticò sin da principio l’anatomia con l’incisione del cadavere e delle ossa con relativa spiegazione e dimostrazione. Negli anni successivi figure importanti quali Giovanni Battista Carcano, Girolamo Cardano, Gaspare Aselli si succedettero sulla cattedra anatomica pavese.

Fu Giacomo Rezia che negli anni settanta del secolo XVIII si rese conto della inadeguatezza dei locali destinati alla pratica dell’anatomia ed iniziò a richiedere che venissero assegnati nuovi e più consoni spazi. Nel 1785 Antonio Scarpa ottenne l’approvazione del progetto per la realizzazione di un moderno Teatro di Anatomia, con annesse stanze per la preparazione e la conservazione dei cadaveri, nonché per la conservazione dei preparati anatomici, ormai numerosi, provenienti in parte dalla collezione di Rezia ed in gran parte allestiti dallo Scarpa, oltre alle cere ed ai modelli fatti appositamente preparare.

Verso la fine dell’ottocento, a causa dell’impulso subito dagli studi e dal sempre crescente peso dell’Anatomia negli insegnamenti medici, si ripresentò il problema di avere spazi adeguati alle cresciute esigenze. Nel 1886 venne quindi approvata una legge che stabiliva l’acquisto di Palazzo Botta per trasferirvi gli Istituti di Anatomia umana, Anatomia e Fisiologia comparata, Medicina Legale e Igiene.

Il trasloco definitivo nei locali di Palazzo Botta risale al 9 aprile 1895. In occasione di questo spostamento fu creata una Biblioteca specializzata che nel 1925 disponeva già di 1400 volumi. Dopo il trasloco, l’Istituto di Anatomia di Piazza Botta disponeva di nove stanze (4 per il museo, 5 per il laboratorio) e il numero di cadaveri a disposizione passò da 77 nel 1893 a più di 180 permettendo quindi di mettere a disposizione di tutti gli studenti materiale anatomico per le dissezioni ed aumentando di conseguenza i preparati destinati al museo.

Nel 1932 venne inaugurata la sede definitiva dell’Istituto di Anatomia Umana Normale, oggi sito in Via Forlanini 8, destinata esclusivamente all’insegnamento della disciplina anatomica.